植物培养箱常用几个比较重要的变量考察如下:

1、光照强度。如上部分所述，光照需要根据既定待培育栽培的植物种类进行选择，比如小麦玉米之类植物需要高达450μmol m-2 s-1（μE）的光照强度，拟南芥等仅需要100μmolm-2 s-1（μE）；有些高光影响因素试验可能需要1000μmol m-2 s-1（μE）的光照。

2、除了光照强度，光照类型也对试验结果有了较大影响，随着光照技术的发展，已经不再满足于荧光灯补光，LED照明的诸多优势逐渐显现，比如光照的周期变化模拟昼夜更替更加灵活；光照强度的调节变化更加精细。

3、在光配方考察过程中，研究单色光对光合作用的调控作用，比如单独的红光与蓝光，或者红外光，都会对植物的光合作用有了显著影响。最终优选出对该植物光合作用贡献最多的前几种单色光，根据配比不同组成光配方，进行定制培养；

4、植物栽培中温度一般选择在22-28℃之间，干旱作物可能会更高（30℃以上），极寒作物会低于室温（4℃甚至更低），这些都是环境胁迫研究中需要考虑的。

5、二氧化碳是植物光合作用所需要的一种物质，在植物生长过程中必不可少。研究表明开放系统中增加CO2浓度，可以促进植物光合作用效能。而培养箱又是一个相对封闭的系统，CO2消耗较快。因此，在植物植株培育过程中需要考虑通风换气的基础上，进行CO2的气肥补充，补充频率与剂量需要根据各自的培养要求调节。

6、湿度控制，上部分曾经提及湿度通常是不控制的，但伴随着浇灌，湿度迅速升高，也增加了杂菌污染的可能性，因此，植物培养箱有时采用动态湿度控制模式替代漫灌。